PLOS Neglected tropical Diseases
© 2015 Dobigny et al.

Urban Market Gardening and Rodent-Borne Pathogenic Leptospira in Arid Zones: A Case Study in Niamey, Niger

Gauthier Dobigny¹*, Madougou Garba², Caroline Tatard³, Anne Loiseau³, Max Galan³, Ibrahima Kadaouré⁴, Jean-Pierre Rossi³, Mathieu Picardeau⁵, Eric Bertherat⁶

1Institut de Recherche pour le Développement, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR IRD-INRA-CIRAD-SupAgro Montpellier), Campus International de Baillarguet CS30016, Montferrier-sur-Lez, France
2Direction Générale de la Protection des Végétaux, Ministère de l’Agriculture, Niamey, Niger
3Institut National de la Recherche Agronomique, CBGP, Campus International de Baillarguet CS30016, Montferrier-sur-Lez, France
4Centre Régional Agrhymet, USAid/Fews-Net, Niamey, Niger
5InstitutPasteur, Unité de Biologie des Spirochètes, Centre National de Référence et Centre Collaborateur de l’OMS de la Leptospirose, Paris, France
6World Health Organization, Geneva, Switzerland

Abstract. Leptospirosis essentially affects human following contact with rodent urine-contaminated water. As such, it was mainly found associated with rice culture, recreational activities and flooding. This is also the reason why it has mainly been investigated in temperate as well as warm and humid regions, while arid zones have been only very occasionally monitored for this disease. In particular, data for West African countries are extremely scarce. Here, we took advantage of an extensive survey of urban rodents in Niamey, Niger, in order to look for rodent-borne pathogenic Leptospira species presence and distribution across the city. To do so, we used high throughput bacterial 16S-based metabarcoding, lipL32 gene-targeting RT-PCR, rrs gene sequencing and VNTR typing as well as GIS-based multivariate spatial analysis. Our results show that leptospires seem absent from the core city where usual Leptospira reservoir rodent species (namely R. rattus and M. natalensis) are yet abundant. On the contrary, L. kirschneri was detected in Arvicanthis niloticus and Cricetomys gambianus, two rodent species that are restricted to irrigated cultures within the city. Moreover, the VNTR profiles showed that rodent-borne leptospires in Niamey belong to previously undescribed serovars. Altogether, our study points towards the importance of market gardening in maintain and circulation of leptospirosis within Sahelian cities. In Africa, irrigated urban agriculture constitutes a pivotal source of food supply, especially in the context of the ongoing extensive urbanization of the continent. With this in mind, we speculate that leptospirosis may represent a zoonotic disease of concern also in arid regions that would deserve to be more rigorously surveyed, especially in urban agricultural settings.

*Corresponding author: gauthier.dobigny@ird.fr

Mem Inst Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Vol. 108(4): 399-407, June 2013

Toxoplasmosis seroprevalence in urban rodents: a survey in Niamey, Niger

Aurélien Mercier^1*, Madougou Garba^2,3,4, Henri Bonnabau⁵, Mamadou Kane⁶, Jean-Pierre Rossi⁷, Marie-Laure Dardé^1,8, Gauthier Dobigny^2,7

1*Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Faculté de Médecine, Université de Limoges, Unité Mixte de Recherche 1094, Neuroépidémiologie Tropicale, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Limoges, France
2Département Formation Recherche, Centre Régional AGRHYMET, Rive Droite, Niamey, Niger 3Faculté des Sciences, Université Abdou Moumouni, Niamey, Niger 4Direction Générale de la Protection des Végétaux, Niamey, Niger
5Unité Fonctionnelle de Recherche Clinique et de Biostatistique, Service de l’Information Médicale et de l’Évaluation, Centre Hospitalier Universitaire de Limoges, Limoges, France
6Institut de Recherche pour le Développement, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Unité Mixte de Recherche, Institut de Recherche pour le Développement/Institut National de Recherche Agronomique/Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement/MontpellierSupAgro), Campus de Bel-Air, Dakar, Sénégal
7Institut National de Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1062, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Institut National de Recherche Agronomique, Institut de Recherche pour le Développement, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Montpellier SupAgro), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations, Campus International de Baillarguet Montferrier-sur-Lez, France
8Centre Hospitalier-Universitaire Dupuytren, Centre National de Référence Toxoplasmose/Toxoplasma Biological Resource Center, Limoges, France

Abstract. A serological survey of Toxoplasma gondii was conducted on 766 domestic and peridomestic rodents from 46 trapping sites throughout the city of Niamey, Niger. A low seroprevalence was found over the whole town with only 1.96% of the rodents found seropositive. However, differences between species were important, ranging from less than 2% in truly commensal Mastomys natalensis, Rattus rattus and Mus musculus, while garden-associated Arvicanthis niloticus displayed 9.1% of seropositive individuals. This is in line with previous studies on tropical rodents – that we reviewed here – which altogether show that Toxoplasma seroprevalence in rodent is highly vari­able, depending on many factors such as locality and/or species. Moreover, although we were not able to decipher statistically between habitat or species effect, such a contrast between Nile grass rats and the other rodent species points towards a potentially important role of environmental toxoplasmic infection. This would deserve to be fur­ther scrutinised since intra-city irrigated cultures are extending in Niamey, thus potentially increasing Toxoplasma circulation in this yet semi-arid region. As far as we are aware of, our study is one of the rare surveys of its kind performed in Sub-Saharan Africa and the first one ever conducted in the Sahel.

Keywords: Toxoplasma gondii, epidemiology, zoonotic disease, Africa, Sahel

*Corresponding author: aurelien.mercier@pasteur.fr

© 2016 The Linnean Society of London, Biological Journal of the Linnean Society, 2016, 119, 748–765.

Black rat invasion of inland Sahel: insights from interviews and population genetics in south-western Niger

Karine Berthier1, Madougou Garba2†, Raphael Leblois3,4, Miguel Navascués3,4, Caroline Tatard4, Philippe Gauthier5, Sama Gagaré6, Sylvain Piry4, Carine Brouat5, Ambroise Dalecky7, Anne Loiseau4 and Gauthier dobigny5*

1INRA, UR0407 Pathologie Végétale, F-84143, Montfavet, France
2Université Abdou Moumouni, Faculté des Sciences, BP10662, Niamey, Niger
3Institut de Biologie Computationnelle, Montpellier, France
4INRA, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR IRD-INRA-Cirad-Montpellier SupAgro), Campus International de Baillarguet, CS30016, 34988 Montferrier-sur-Lez, France
5IRD, CBGP (UMR IRD-INRA-Cirad-SupAgro), Campus International de Baillarguet, CS30016, 34988, Montferrier-sur-Lez, France
6Centre Régional Agrhymet, BP11011, Niamey, Niger
7IRD, Laboratoire Population Environnement Développement (UMR AMU-IRD), Aix-Marseille Université, Centre Saint Charles, CS80249, 13331, Marseille Cedex 03, France

Abstract. Human population migrations, as well as long-distance trade activities, have been responsible for the spread of many invasive organisms. The black rat, Rattus rattus, has colonized most of the world following ship-mediated trade. Owing to its tight association with human infrastructures, this species has been able to survive in unfavourable environments, such as Sahelian Africa. In this work, we combined interview-based and population genetic surveys to investigate the processes underlying the ongoing invasion of south-western Niger by black rats, with special emphasis on the capital city, Niamey. Our trapping and interview data are quite congruent, and all together point towards a patchy, but rather widespread, current distribution of R. rattus. Genetic data strongly suggest that road network development for truck-based commercial flow from/to international harbours located in neighbouring countries (Benin, Togo, and Nigeria) facilitates the passive dispersal of black rats over a long distance through unfavourable landscapes. Another potentially, more ancient, invasion route may be associated with boat transport along the Niger River. Human-mediated dispersal thus probably allows the foundation of persisting populations within highly anthropized areas while population dynamics may be more unstable in remote areas and mostly depends on propagule pressure.

Keywords. Africa, Rattus rattus, trade-mediated invasion, urban habitat.

*Corresponding author: E-mail: gauthier.dobigny@ird.fr

†Current address: Direction Générale de la Protection des Végétaux, BP323, Niamey, Niger

Journal of Virological Methods 189 (2013) 311– 316
Contents lists available at SciVerse ScienceDirect
journal homepage: www.elsevier.com/locate/jviromet

Comparative analysis of rodent tissue preservation methods and nucleic acid extraction techniques for virus screening purposes

Ines N. Yama^a,*, Madougou Garba^b,c, Janice Britton-Davidian^d, Simon-Djamel Thiberville^a, Gauthier Dobigny^b,c, Ernest A. Gould^a, Xavier de Lamballerie^a,e, Remi N. Charrel^a,e

^aAix-Marseille University, French Institute of Research for Development, EHESP French School of Public Health, UMR D 190 “Emergence des Pathologies Virales”, 13005 Marseille, France
b Institut de Recherche pour le Développement, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR IRD-INRA-Cirad-SupAgro Montpellier), Campus International de Baillarguet, CS30016, 34988 Montferrier-sur-Lez, France
c Centre Régional Agrhymet, Rive droite, BP11011, Niamey, Niger
d UMR-ISEM-CNRS, Université de Montpellier II, Montpellier, France
e IHU Mediterranee Infection, APHM Public Hospitals of Marseille, 13005 Marseille, France

Abstract. The polymerase chain reaction (PCR) has become an essential method for the detection of viruses in tissue specimens. However, it is well known that the presence of PCR inhibitors in tissue samples may cause false-negative results. Hence the identification of PCR inhibitors and evaluation and optimization of nucleic acid extraction and preservation methods is of prime concern in virus discovery programs dealing with animal tissues. Accordingly, to monitor and remove inhibitors we have performed comparative analyses of two commonly used tissue storage methods and five RNA purification techniques using a variety of animal tissues, containing quantified levels of added MS2 bacteriophages as the indicator of inhibition. The results showed (i) no significant difference between the two methods of sample preservation, viz. direct storage at −80 ◦C or 4 ◦C in RNAlater, (ii) lung rodent tissues contained lower levels of inhibitor than liver, kidney and spleen, (iii) RNA extraction using the EZ1 + PK RNA kit was the most effective procedure for removal of RT-PCR inhibitors.

Keywords. Virus screening, PCR inhibitors, Organ storage, Proteinase K, Enterobacteria phage MS2

*Corresponding author at: UMR D 190, Faculté de Médecine, 28 boulevard Jean Moulin, 13005 Marseille, France. Tel.: +33 626719100.

E-mail address: rnabio@aol.fr (I.N. Yama).

Cah. Agric. 2017, 26, 55003
© L. Amadou et al., Published by EDP Sciences 2017
DOI: 10.1051/cagri/2017045
www.cahiersagricultures.fr

Gestion de la chenille mineuse de l’épi du mil par des lâchers du parasitoïde Habrobracon hebetor Say au Niger

Laouali Amadou¹, Ibrahim B. Baoua²*, Malick N. Ba³, Bettina Haussmann⁴, Mariama Altiné⁵

¹Institut national de la recherche agronomique du Niger (INRAN), CERRA de Maradi, BP 240, Maradi, Niger
²Université DanDicko Dankoulodo de Maradi, BP 465, Maradi, Niger
³International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Niamey, Niger
⁴University of Hohenheim, Institute of Plant Breeding, Seeds Science and Population Genetics, Stuttgart, Germany
⁵Programme de la productivité agricole en Afrique de l’Ouest (PPAAO/WAAPP), Niamey, Niger

Résumé. La chenille mineuse de l’épi du mil, Heliocheilus albipunctella De Joannis, est l’un des principaux ravageurs du mil en zone sahélienne. En 2015 et 2016, une démarche de lutte biologique de grande envergure a été initiée par des lâchers du parasitoïde antagoniste ectolarvaire Habrobracon hebetor Say dans les cinq régions du Niger. Des équipes incluant les organisations de producteurs ont été mises en place pour la sensibilisation des agriculteurs, l’identification des zones d’infestation du ravageur et la mise en place de 9177 sacs de lâcher. Les surfaces couvertes ont été estimées à 1 417 680 ha en 2015 et 1 521 330 ha en 2016 soit 21% des surfaces en mil dans les régions concernées. Les évaluations menées au cours des deux années ont permis de noter une augmentation des taux de parasitisme de la chenille mineuse de 168 à 1398% dans les villages de lâcher par rapport aux villages témoins. L’enquête sur la perception a révélé une appréciation positive de 77% des répondants. Ils ont estimé la mortalité moyenne des larves du ravageur à 76% et les gains de rendement à 50%.

Mots clés. Pennisetum glaucum, Heliocheilus albipunctella, Habrobracon hebetor, enquête, perception

*Auteur de correspondance : baoua.ibrahim@gmail.com

Pour juguler la faiblesse des productions suite au caractère de plus en plus aléatoire des saisons d’hivernage qui met les populations dans une situation d’insécurité alimentaire, l’État du Niger a pris l’option, à travers l’I3N de renforcer sa politique agricole. L’un des volets importants de cette politique est l’augmentation des superficies des aménagements hydro-agricoles (AHA) de 16 000 hectares (ha) actuellement à 70 000 ha à l’horizon 2030. Mais cela ne peut se réaliser que lorsque l’institution de tutelle, l’Office National des Aménagements Hydro-Agricoles (ONAHA), sera restructurée et renforcée. La sécurisation des terres irriguées constitue un point essentiel pour la réussite des objectifs de l’État nigérien. Cependant, on constate au sein des périmètres irrigués, une insécurité foncière liée à des contrats d’exploitation précaires et à l’absence de titre foncier établi au nom de l’État. Pour toutes ces raisons, l’ONAHA, en collaboration avec le programme Kandadji et avec l’appui de la Global Water Initiative, a entrepris deux études :

• la définition des mesures de sécurisation des périmètres irrigués au Niger ;
• l’établissement d’un contrat d’occupation plus sécurisant.

Ce processus d’immatriculation et de sécurisation foncière des périmètres irrigués vise d’une part, à octroyer des titres fonciers au nom de l’État, et d’autre part renouveler les contrats d’occupation des parcelles pour les exploitants.

Le guide définit les étapes clés de l’immatriculation et de la sécurisation des droits des producteurs, notamment à travers l’inscription de leurs contrats sur les titres fonciers des périmètres. Il précise, pour chaque étape, les exigences légales, les acteurs concernés, leurs responsabilités et les coûts, en apportant des conseils pratiques pour garantir des résultats concrets et durables sur le terrain.

Ce qu’il faut savoir le guide de sécurisation foncière

De nos jours, le Niger compte 74 AHA fonctionnels (sur 85). Ces AHA qui font travailler plus de 40 000 exploitants ont été construits à différentes  périodes à partir des années 1940. Ces ouvrages, comme toute terre aménagée par la puissance publique, appartiennent au domaine public de l’État. Ainsi, les terres titrées au nom de l’État et aménagées par l’État, appartiennent bien au domaine public de l’État.

Les exploitants qui travaillent sur ces espaces, ils étaient, avant la création de l’aménagement, détenteurs de droits fonciers coutumiers. Avec l’AHA, ces droits sont perdus, mais compensés par l’attribution de nouveaux droits d’exploitation sur les terres aménagées. La loi n° 2008-37 (2008) sur l’expropriation pour cause d’utilité publique, formalise et précise ce principe de compensation pour les détenteurs de droits de propriété coutumiers, lorsqu’un AHA s’installe sur leur terre.

Les différentes articulations du guide de sécurisation foncière

Ce guide comporte quatre principales parties.

La première partie présente le cadre institutionnel général dans lequel s’inscrivent les opérations de sécurisation foncière relatives aux AHA existants. Elle reconstitue la trajectoire du processus de sécurisation sur un AHA type. Cette partie formalise également un certain nombre de recommandations méthodologiques transversales à suivre pour garantir la réussite des opérations.

La deuxième partie présente les deux principales activités préliminaires à conduire dans le cas spécifique des nouveaux AHA :

• le processus d’expropriation pour cause d’utilité publique ;
• la définition des compensations et indemnisations des populations affectées par l’arrivée de l’ouvrage.

La troisième partie rassemble un ensemble de fiches pratiques détaillant, par activité stratégique, les étapes à suivre et les responsabilités des différents acteurs impliqués.

La quatrième partie compile les ressources et les outils permettant de faciliter la compréhension des notions techniques et juridiques liées à ces opérations. Il guide également la mise en œuvre des activités pour les futures équipes en charge des opérations de sécurisation sur les AHA existants.